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選擇柱溫的原則是紀要保證樣品組分完全分離，又要保證樣品所有組分都不會在色譜柱內冷凝，且峰形較好，同時分析時間越短越好。確定柱溫，主要考慮色譜柱固定液的使用溫度、色譜柱類型、樣品組分的復雜程度、色譜柱升溫方式以及汽化溫度等。

首先，要考慮氣相色譜儀色譜柱固定的最高使用溫度，選擇的柱溫至少要比固定液最高使用溫度低40℃左右。當固定液相同時，填充柱和毛細血管柱相比較，毛細血管柱的最高使用溫度比填充柱低，至少要比固定液的最高使用溫度低60左右。如果使用的固定液有凝固點，應高于凝固點。

其次，應考慮樣品組分的復雜程度，包括樣品的沸點范圍和組分間的沸點差別，當然還有樣品組分的極性差別等。若樣品組分簡單即組分少、樣品沸程窄且組分沸點有一定差別，可選擇恒溫程序，分析時間段，且比程序升溫基線要好，相反，如果樣品組成復雜，不易兼顧低沸點組分和高沸點組分的分離，最好選擇程序升溫。

最后，應結合汽化溫度來考慮。如果汽化溫度是程序升溫，那么柱溫的升溫方式應選擇程序升溫；如果汽化溫度的升溫方式是恒溫，柱溫的升溫方式和選擇恒溫和程序升溫。使用氣相色譜儀色譜柱恒溫分析時，填充柱分析溫度可設為樣品中高含量組分沸點的平均值。